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分配金により異なります。株式投資信託の分配金には普通分配金と元本払戻金（特別分配金）がありますが、普通分配金は投資信託の元本の運用により生じた収益から支払われる利益のため、NISA口座では非課税となります。
一方、元本払戻金（特別分配金）は投資した元本の一部払戻しとみなされるため、そもそも課税の対象ではなく、NISA口座のメリットは受けられません。