2015年1月以降、一定の手続きのもとで金融機関の変更が可能となりました。ただし、金融機関の変更手続きを行い、複数の金融機関でNISA口座を開設した場合でも、各年において1つのNISA口座でしか、株式投資信託を購入することができません。また、NISA口座内の株式投資信託を変更後の金融機関に移管することもできません。なお、金融機関を変更しようとする年分の非課税枠を利用していた場合、その年分について金融機関を変更することはできません。