非課税投資枠は手数料を除いた額(投資元本)で計算されるため、手数料は非課税投資枠を利用したことにはなりません。
例えば、手数料2.2％の株式投資信託を投資元本120万円申込む場合、手数料が26,400円発生したとしても、その年の非課税投資枠の範囲内に収まります。